部分企业缴纳的土地使用税与国土资源部门确认函上的面积不一致。经核实，部分“闲置荒地”在申报中被忽略。财务人员认为，企业占地面积内有闲置荒地，没有收入，因此无需缴纳土地使用税。

根据新修订的《城市土地使用税暂行条例》，土地使用税应当按照纳税人实际占用的土地面积，按照规定的税额计征。同时，根据国家税务总局《关于加强城市土地使用税部分行政审批项目取消后后续管理的通知》（国税函[2004]939号），对企业范围内荒山等闲置土地，企业申报暂免城镇土地使用税的，应当事先向当地主管税务机关报送有关部门批准的文件或者证明等有关证明材料，供税务机关检查。根据《城镇土地使用税暂行条例》第九条规定：“被征收的耕地，自批准征用之日起满一年缴纳土地使用税；同时，根据国家税务总局《关于征收土地使用税具体问题的解释及暂行规定》（国税发〔1998〕015号）文件的规定，纳税人实际占用的土地面积，是指省、自治区、直辖市人民政府规定的单位组织确定的土地面积。未组织测量，但纳税人持有政府部门颁发的土地使用证的，以该证确认的土地面积为准；未颁发土地使用证的，纳税人应当如实申报土地面积。”

企业未使用的闲置土地，应当出具有关部门的批准文件或者确认函，企业自行申报后可以免征城市土地使用税，否则应当缴纳土地使用税。