根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）规定，适用简易计税方法的房地产开发企业纳税人，其转让房地产的土地增值税清算收入不含增值税应纳税额，即：

土地增值税清算收入＝含税销售收入－增值税应纳税额＝含税销售收入－含税销售收入÷（1＋5％）×5％＝含税销售收入÷（1＋5％）

采用一般计税方法计税的房地产开发企业纳税人，其转让房地产的土地增值税清算收入不含增值税销项税额，即：

土地增值税清算收入＝含增值税销售收入－销项税额＝含税销售收入－销售额×税率＝含税销售收入－（全部价款和价外费用－土地价款以及拆迁补偿费用）÷（1＋11％）×11％

根据上述分析，按规定允许土地价款扣减销售额而减少的销项税额，应调增土地增值税清算收入，不是调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本。

一、土地增值税税率

土地增值税实行四级超率累进税率：

1、增值额未超过扣除项目金额50％的部分，税率为30％。

2、增值额超过扣除项目金额50％、未超过扣除项目金额100％的部分，税率为40％。

3、增值额超过扣除项目金额100％、未超过扣除项目金额200％的部分，税率为50％。

4、增值额超过扣除项目金额200％的部分，税率为60％。

上面所列四级超率累进税率，每级增值额未超过扣除项目金额的比例，均包括本比例数。

二、预征和清缴的土地增值税

清缴的时候多退少补，跟增值税及附加也是一样的，补是肯定要补的，退却不一定。很多时候根本就退不了。

预征土地增值税＝（销售回款－预缴的增值税）×预征率

收到回款的次月就要申报。

预缴增值税的计算公式：

预缴的增值税＝预收款／（1＋适用税率或征收率）＊3％

简易征收方法是销售回款／（1＋5％）＊3％

一般征收方法是销售回款／（1＋10％）＊3％

那么土地增值税的预征率是多少各地要求是不一样的，分不同业态，一般来说普通住宅2％，非普通住宅3％，有些地区还要分别墅、商业，这些预征率更高。