一、补充协议与主合同的效力

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

二、补充协议和主合同有什么关系

“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。

主合同与补充协议一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充协议，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充协议的编号往往是以主合同为依托而表达的，如__号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充协议这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。