责令停业整顿的，应当由行政机关根据法律的规定进行决定。责令停业整顿应当属于行政处罚，必须由行政机关按照法律的规定作出决定，行政机关出具行政处罚决定书后，相关组织必须尽快停业整顿，完成整顿后，应当交由行政机关重新检查，检查过关的，可以开业，整顿后还是不过关的，行政机关可以让相关组织进行停业整顿。

责令停业整顿的期限是多久

责令停业整顿，合理的期限是3至6个月。停产停业是重大安全生产行政处罚，必须经过集体讨论才能实施。一般来说停产停业整顿不能超过3个月，如果企业隐患没有整改完毕可以提前提出申请延期，但是延期最长不超过6个月。

如果超过6个月隐患还没有整改完成，相关部门则应该提请县级以上人民政府对该企业进行关闭。

《中华人民共和国行政处罚法》第十七条行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。

《中华人民共和国行政处罚法》第九条行政处罚的种类：

（一）警告、通报批评；

（二）罚款、没收违法所得、没收非法财物；

（三）暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件；

（四）限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业；

（五）行政拘留；

（六）法律、行政法规规定的其他行政处罚。