行政机关实施行政许可收取费用，必须有法律、行政法规作为依据。以前我国治理滥收费，规定的收费依据为法律、行政法规、国务院有关规定、国务院财政部门与计划部门共同发布的规章或者规定以及省、自治区、直辖市的地方性法规、政府规章或者规定和省、自治区、直辖市人民政府财政部门与计划(物价部门)共同发布的规定。本法则更进了一步，实施行政许可收取费用，必须是法律、行政法规的规定，其他规范性文件的规定，不得作为收费依据。

我国现行有关法律、行政法规对实施行政许可收取费用作了规定，如进出口商品检验法第三十条规定，商检机构和其他检验机构依照本法实施检验和办理鉴定业务，依照规定收费。收费办法由国家商检部门会同国务院有关主管部门制定。计量法实施细则第四十条规定，建立计量标准申请考核，使用计量器具申请检定，制造计量器具新产品申请定型和样机试验，制造、修理计量器具申请许可证，以及申请计量认证和仲裁检定，应当缴纳费用。

法律、行政法规有权规定实施行政许可可以收取费用，但这种规定也应当合理。一般来说，国家提供普遍的公共行政服务，是不应当收取费用的，如警察维护社会秩序、交通秩序，国家提供的义务教育服务等。因为公民通过纳税，支出了有关费用。但是，国家对特定的个人或组织提供的服务，需要交纳有关费用。因为这种服务只有一部分人享受，不能因一部分人的支出摊入到每个公民的人头上。因此，法律、行政法规规定的收费，应当是少数人申请的行政许可事项。

我国现行法律中与许可有关的收费主要有以下几类：一是排污费，包括超标排污费、倾倒废弃物品费等二是资源补偿费，包括特许权使用费、临时使用土地补偿费、土地使用权出让费等;三是检验费，包括卫生检疫、检查费等;四是工本费，包括证照工本费等;五是手续费，如申请手续费等。按照许可收费的性质，可以分为两类：一类是对被许可行为的收费，如排污费、资源补偿费;一类是对申请行为的收费，如手续费、工本费。对许可行为和对申请行为的收费具有不同性质，前者是因为申请取得了特定的财产权利，如土地使用权、矿产资源开采权，从某种意义上来说就是国家以特殊的民事主体身份，转让财产权利，这种情况在有限自然资源的开发利用、公共资源的配置等方面表现比较明显。后者是因为增加了行政机关的管理成本而收费。对于后一种收费，要从严控制，因为国家已为行政机关的运行提供了相关费用。