司法实践中发票联和抵扣联的主要区别是：发票联是给购货方的，购货方作为记账的凭证，而抵扣联是给购货方，作为抵税的，发票联做到账里，抵扣联中进项税金，认证了之后，购货方能抵税，抵扣联认证了之后，单独订起来。发票联做为记账用，是购物凭证；抵扣联要给退税科提供，被收回去的，用于税款抵扣的。

增值税发票联丢失，抵扣联还在怎么办

正确的处理方式是：

可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

文件依据：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。

《中华人民共和国发票管理办法实施细则》

第三条发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。