事业单位在编职工辞职按照《全民所有制事业单位专业技术人员和管理人员辞职暂行规定》等相关规定办理。首先是在编职工向所在单位或主管部门提出辞职书面申请；所在单位或主管部门收到辞职书面申请后，一般应在三个月内，给予书面批复，对批复同意的发给辞职者本人辞职证明书。

事业单位在编职工与所在单位订有聘用合同的人员，其辞职按照聘用合同的有关规定办理。辞职经批复同意后，辞职其本人协助用人单位办理档案托管、社保等相应的人事手续。

《劳动合同法》第三十六条协商解除劳动合同

用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。

第三十七条劳动者提前通知解除劳动合同

劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

第三十八条劳动者单方解除劳动合同

用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

(二)未及时足额支付劳动报酬的；

(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；

(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；

(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。

一、员工办理离职手续的流程：

1、为从事有职业病危害作业的员工做健康检查。

2、办理工作交接。离职员工除工作交接外，应立即停止以用人单位的名义对外从事一切业务。将该员工经手的工作交接到其他人员或主管。工作交接有助于防止员工仓促离职，出现工作脱节，减少不必要的经济损失。

3、公司财物、文件资料及清偿债务。

员工在公司期间，由公司配发的或者由员工本人掌管的属于公司的财物，企业应指定专人接收。并将员工在职期间保管和使用的全部文件资料进行清理，如客户名单、各种图表图纸、财务账本、工作计划、技术资料等。另外，在劳动合同解除或终止时，公司应清查该员工在职期间是否欠有公司债务，如借款、赔偿款、罚款等。

4、退还员工证件及结清工资。

5、如是公司提出解除劳动合同的，按照劳动合同法的规定向员工支付经济补偿金。

6、签订竞业禁止协议。对于公司认为需要签订竞业禁止协议的则在解除劳动合同协议中明确员工的相应义务。

7、出具解除或者终止劳动合同的证明。

8、办理档案和社会保险关系转移手续。《劳动合同法》规定公司在劳动合同解除后15日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。