合同无效仲裁条款不是当然无效。根据《仲裁法》的相关规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。因此，合同无效，仲裁条款不是当然无效。

一、建设工程施工合同无效违约条款是否有效?

无效。合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。但是，违约金条款不属于解决争议的条款，争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等条款。因此，如果合同无效，违约金条款也无效。

二、没有备案的租赁合同效力无效吗

租赁合同未经备案并不会因此而无效，备案不是合同的生效要件，当事人之间存在特别约定的除外。依法成立的合同自成立时生效，合同未办理备案手续不影响合同效力。当事人不能以房屋租赁合同未按照法律、行政法规规定办理登记备案手续为由，请求确认合同无效。

三、一个是关于保密协议，还是劳动合同

不是。劳动合同和保密协议的区别：1.保密合同具有从属性，保密合同与劳动合同是主合同与从合同的关系;劳动合同是主合同，没有劳动合同，不建立劳动关系，也就不可能产生保密义务，当然也就不存在保密合同。保密只是劳动关系的一项内容。2.保密合同具有独立性，一般来说，从合同的效力是随着主合同效力的变化而变化的，主合同无效，从合同当然无效，主合同变更，从合同亦应做相应变更。但是保密合同却不同。劳动合同的无效和变更，并不影响保密合同的效力。这一点对于保密条款也同样适用。