诉讼程序中司法鉴定机构的选择如下：自行鉴定没有争议的情况下，可以作为医疗纠纷处理的依据，行政鉴定是行政机关处理医疗纠纷的依据，

如果没有争议，经法院审查合法，也可以作为诉讼案件定案依据。

司法鉴定除具有一般鉴定的属性外还具有司法权威性，在对鉴定结论存在争议的情况下，司法鉴定作为司法活动往往行使最终决定权；

司法鉴定通常还作为法官认证的工具，实践中通常以司法鉴定结论作为裁判的依据。

一、司法鉴定报告有异议怎么处理

司法鉴定不服可以申请重新鉴定，如果鉴定机构存在违法行为的，也可以向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的。由下列情形之一的，会准许重新鉴定的申请：鉴定机构或鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；定程序严重违法的；鉴定结论明显依据不足的；经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

二、什么证据能推翻司法鉴定

下列情形可以推翻原司法鉴定，重新申请鉴定：

（1）鉴定机构或鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；

（2）鉴定程序严重违法的；

（3）鉴定结论明显依据不足的；

（4）经过质证认定不能作为证据使用的其他情形内容。