鉴定机构选择程序规定：

1．当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。

2．当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

怎么选择医疗技术鉴定机构

医学会鉴定多数时候受同行相护影响，参加鉴定医生缺乏法律知识和证据认知能力，鉴定人不署名、不出庭，使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷。医学会鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。

司法鉴定的优势在于中立性强，对证据有认知和审查能力，对案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较高，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素。

《民事诉讼法》第七十九条

当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。

当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。