申请肥料正式登记证办理程序：

1、农业部行政审批办公大厅肥料窗口审查《农业部肥料正式登记申请书》或《农业部微生物肥料正式登记申请书》及相关资料，申请资料齐全的予以受理。

2、农业部肥料登记评审委员会根据有关规定对申请资料进行技术评审。

3、农业部种植业管理司根据有关规定及评审意见提出审批方案，报经种植业管理司司长（受部长委托）审批后办理批件。

有机肥料加工厂需要办哪些手续

有机肥料加工厂需要办的手续：

1、准备办理所需要的资料：

（1）办理个体营业执照需要携带本人的身份证明原件及复印件，房产证复印件；

（2）如果是租的门面需要提供房屋租赁合同原件和复印件；

（3）如果经营场是住宅需要提供有利害关系业主同意证明；

（4）携带申请登记的申请书；

（2）近期一寸免冠照片1张；

2、到当地工商所申领表格办理工商营业执照；

3、再到税务所办税务登记证，办行业代码证，在质检局；

4、拿到税务登记证后申请发票；

5、缴纳相关的费用，等待通知；

6、得到通知之后去办理地点领取即可。

法律依据：《个体工商户条例》第十六条

登记机关和有关行政机关应当在其政府网站和办公场所，以便于公众知晓的方式公布个体工商户申请登记和行政许可的条件、程序、期限、需要提交的全部材料目录和收费标准等事项。

登记机关和有关行政机关应当为申请人申请行政许可和办理登记提供指导和查询服务。

第十七条

个体工商户在领取营业执照后，应当依法办理税务登记。

个体工商户税务登记内容发生变化的，应当依法办理变更或者注销税务登记。

《肥料登记管理办法》

第七条凡经工商注册，具有独立法人资格的肥料生产者均可提出肥料登记申请。

第八条农业部制定并发布《肥料登记资料要求》。肥料生产者申请肥料登记，应按照《肥料登记资料要求》提供产品化学、肥效、安全性、标签等方面资料和有代表性的肥料样品。

第九条农业部负责办理肥料登记受理手续，并审查登记申请资料是否齐全。境内生产者申请肥料登记，其申请登记资料应经其所在地省级农业行政主管部门初审后，向农业部提出申请。

第十条生产者申请肥料登记前，须在中国境内进行规范的田间试验。对有国家标准或行业标准，或肥料登记评审委员会建议经农业部认定的产品类型，可相应减免田间试验。

第十一条生产者可按要求自行开展肥料田间试验，也可委托有关单位开展，生产者和试验单位对所出具的试验报告的真实性承担法律责任。