如果公司违反劳动法，劳动者可以通过以下程序处理劳动争议：

1、双方协商；

2、调解，可以向下列调解组织申请调解，企业劳动争议调解委员会、依法设立的基层人民调解组织、在乡镇和街道设立具有劳动争议调解功能的组织，通过调解解决争议更省时；

3、仲裁，用人单位和劳动者不能通过调解解决劳动争议的，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。双方也可以不经调解直接申请劳动仲裁，劳动仲裁是劳动争议案件的前置程序，未经仲裁不得向法院起诉；

4、起诉，一方或者双方对仲裁不服的，可以自收到裁决之日起十五日内向法院提起诉讼，通过诉讼程序解决劳动争议。

违反劳动法？扣底薪吗？

无正当理由扣底薪违反劳动法。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，双方劳动合同有约定的，可以通过扣工资赔偿用人单位损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条【劳动争议处理的基本程序】发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。