小学生乘坐的非法营运车辆如果不是校车，只是普通的没有取得客运经营许可证的车辆：由县级以上交通运输管理部门监管并处罚。小学生如果乘坐的是非法运营的校车导致事故，负有监管责任的单位是：县级人民政府负总责，教育、公安、交通运输、安全生产监督管理、质量监督检验检疫部门都负有具体的监管职责。

一、校车超载未达到20%怎么扣分

校车载人超过核定人数，未达20%的，扣6分。同时，罚款200元，扣车。对于校车超员，一般是按照客车超员的规定进行处理的。校车超载的处罚标准要根据具体情况分析。

客车超载罚款标准如下：

1、公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；

2、超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。

超载事故责任认定方式如下：

1、公安机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。交通事故认定书应当载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，并送达当事人；

2、公安机关交通管理部门应当根据交通事故当事人的行为对发生交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任；

3、公安机关交通管理部门经过调查后，应当根据当事人的行为对发生交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。

总之，校车载人超过核定人数，未达20%的，扣6分。同时，罚款200元，扣车。对于校车超员，一般是按照客车超员的规定进行处理的。校车超载的处罚标准要根据具体情况分析。如超载发生事故，公安机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。