一、庭审中,合议庭在有疑问证据进行勘验检察院怎样处理

1、在法庭审理过程中，合议庭对证据有疑问的，可向检察院调取在侦查、审查起诉中收集的有关被告人无罪或者罪轻的证据材料，检察院应当自收到法院要求调取证据材料决定书后三日以内移交。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第四百一十四条

二、排除非法证据的程序步骤

1、程序启动。在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。

2、法庭初步审查。程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查;对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。

3、控方证明。公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。

4、双方质证。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。

5、法庭处理。法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证;否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。