一、检察院在审查起诉中发现有非法证据怎么处理

1、检察院在审查起诉中发现有应当排除的非法证据，应当依法排除，同时可以要求监察机关或者公安机关另行指派调查人员或者侦查人员重新取证。必要时，人民检察院也可以自行调查取证。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第三百四十一条

二、非法证据是什么

非法证据指因不符合法定形式或取得的程序违法而不具有可采性的证据材料。在我国刑事诉讼中，主要是指：

1、我国刑事诉讼法规定的7种证据以外的证据形式;

2、法定人员以外的人非法收取的证据材料。例如，商场保安人员主持的对犯罪嫌疑人的辨认;

3、非经法定程序收集的证据材料。例如非法搜查、扣押的物品，以刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗及其他非法方法取得的被告人、犯罪嫌疑人、被害人、证人的供述、陈述和证言;

4、未经法定程序在法庭上出示并查证属实的证据材料。

我国证据的合法性必须符合以下四个条件：

1、证据必须具有合法形式。

2、证据必须是由法定人员依照法定程序收集和运用。

3、证据必须有合法的来源。

4、证据须经法定程序查证属实。以上对证据合法性的阐述是论述证据能力所必要的，即一件事实要成为刑事司法中定案的根据须具备相应条件经过一定的程序加以认定，否则不能成为法院定案的依据。

依据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，检察院在审查起诉中发现有应当排除的非法证据，应当依法排除，同时可以要求监察机关或者公安机关另行指派调查人员或者侦查人员重新取证。必要时，人民检察院也可以自行调查取证。