用人单位以旷工为由开除孕妇是合法的，但孕妇必须达到了单位规章制度中规定的严重的违规的程度，即其旷工的情节要比较严重。如果没有严重违规的，则单位的开除行为一般不合法。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条

用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。

第三十九条

劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。旷工三天的行为如果属于严重违反公司的规章制度的行为，或者员工严重失职，营私舞弊，给公司造成重大损害的，则被开除是合法的。如果员工没有重大过错，则公司不能随意开除员工。法律依据:《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。