企业重组往往涉及企业所得税、增值税、营业税、土地增值税、契税、印花税等，其中企业所得税处理是最主要的税收问题。按不同方法处理企业重组涉及的企业所得税，会形成不同的企业重组税收成本。

(一)企业所得税

企业所得税征管依据的核心法律是《企业所得税法》，但是其中并没有直接涉及企业重组的法律规定。在《企业所得税法实施条例》中，第75条明确了企业重组的基本税务处理原则：“除国务院财政、税务主管部门另有规定外，企业在重组过程中，应当在交易发生时确认有关资产的转让所得或者损失，相关资产应当按照交易价格重新确定计税基础。”2009年4月30日，财政部和国家税务总局联合发布财税[2009]59号文件，较为全面地界定了企业重组的几种形式，明确了特殊性税务处理的标准和原则，是计算企业重组中企业所得税的重要依据。此后，国家税务总局出台的《企业重组业务所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)，对企业重组业务的税务处理进行了详细规定，并对财税[2009]59号文件的部分内容进行了补充和细化。

(二)增值税

有关增值税的核心法规是《增值税暂行条例》和《增值税暂行条例实施细则》，这两部法规在2008年进行修订，于2009年1月1日开始实施。其中对于企业重组涉及到的增值税有明确规定的最新文件为《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)，对企业重组中是否征收增值税的问题做了明确说明，《财政部国家税务总局关于中国邮政集团公司邮政速递物流业务重组改制有关税收问题的通知》(财税[2011]116号)，并同时废止《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》(国税函[2002]420号)、《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税政策问题的批复》(国税函[2009]585号)、《国家税务总局关于中国直播卫星有限公司转让全部产权有关增值税问题的通知》(国税函[2010]350号)。

(三)营业税

有关营业税的核心法规是《营业税暂行条例》、《营业税暂行条例实施细则》，这两部法规同样于2008年进行修订，于2009年1月1日开始实施。和增值税相比，营业税对于资本运作的税收征免相对宽松，在大多数情况下不视同销售，暂不纳税，但同时也有一些限制性条件。根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)、《关于海南南山旅游发展有限公司企业重组中股权转让不征收营业税的批复》(国税函[2005]1174号)、《关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》(国家税务总局2011年第51号)等相关文件规定，对于企业产权转让、股权转让等情况免征营业税。

(四)土地增值税

相对于所得税和流转税，土地增值税在资本运作中的相关问题要简单很多。主要原因是，土地增值税和所得税等与企业几乎所有经济行为相关的重要税种相比，它只与有偿转让房地产相关;与其他几乎直接涉及所有企业的税种相比，土地增值税主要和房地产企业相关。

土地增值税作为以“增值额”为征税对象的调节税种，如无增值则无税负，其真正的难度是增值额的计算过程。国家税务总局通过《土地增值税清算管理规程》(国税发[2009]91号)、《关于房地产企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)对清算问题也进行了具体规定。

(五)契税

在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属属于契税的应税行为，承受的单位和个人为契税纳税人，应当依照相关规定缴纳契税。

契税征管依据的基本法规有《契税暂行条例》和《契税暂行条例实施细则》，与企业重组相关的重要文件有《关于企业改制重组若干契税政策的通知》(财税[2008]175号)、《关于企业改制重组契税政策若干执行问题的通知》(国税发[2009]89号)、《关于企业改制过程中以国家作价出资(入股)方式转移国有土地使用权有关契税问题的通知》(财税[2008]129号)、《财政部国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》(财税[2012]4号)。

(六)印花税

印花税征管依据的核心法律法规是《印花税暂行条例》和《印花税暂行条例实施细则》。除此之外《财政部国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》(财税[2003]183号)、《财政部国家税务总局关于明确中国邮政集团公司邮政速递物流业务重组改制过程中有关契税和印花税政策的通知》(财税[2010]92号)等规范性文件对印花税的征免进行了一定程度的细化和明确，可操作性较强。

总的来说，对于企业重组过程中判断是否应该缴纳印花税，除了需要了解印花税的税收特性以外，还要注意两个问题：第一，是否缴税的判断标准是合同(经济行为)的性质，而不能仅仅机械地依赖合同的名称。如以房抵债，可能名义上是债务重组协议，但实质上是有偿转让房地产，债务重组协议本身不在印花税列名征缴合同范围内，但是该协议本质上是“产权转让书据”，属于印花税的征缴范围。第二，一项重组活动本身可能不需要缴纳印花税，但是不等于该运作和印花税没有关系，常常是重组的结果会导致缴纳印花税。如，企业增资合同(包括债转股等债务重组协议)本身不需要缴纳印花税，但是因为增资导致注册资本增加却是需要缴税的。