特许经营许可证的办理流程：

1、特许人向接受窗口提交申请备案的纸质材料，以获得商业特许经营管理系统登录号和密码；

2、特许人获得登录号和密码后，登录商务部《商业特许经营信息管理系统》，按照系统要求准确、完整填报备案材料，填报完成后告知窗口部门。系统中要求提交的有关材料电子版文档，应上传原件的PDF格式扫描件；

3、窗口部门将纸质材料送交审核部门，审核部门对特许人的纸质和系统上的备案资料进行审核。对于符合规定的申请材料，自材料收到起10内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统上予以公告，向特许人发放备案证明。对于提交申请资料不完备的，要求申请人在7日内补充提交，补充齐全之日起10日内予以备案和公告，并向特许人发放备案证明。

法律依据：《商业特许经营管理条例》第三条

本条例所称商业特许经营（以下简称特许经营），是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业（以下称特许人），以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者（以下称被特许人）使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。

企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动。

特许经营许可证办理流程

经营许可证是法律规定的某些行业必须经过许可，而由主管部门办理的许可经营的证明，如烟草专卖许可证、药品经营许可证、危险化学品经营许可证等。不同的许可证有不同的主管部门办理，如食品经营许可证去当地食品药品监督管理部门办理。