1、夫妻分居三个月，一方起诉离婚，对于孩子抚养权归属可以由双方进行协商；协商不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。但是，未满两周岁的，以由母亲直接抚养为原则。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》

第一千零七十九条第一款、第二款夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

第一千零八十四条第三款离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

一、孩子的抚养权的判决是什么

1、两周岁以下的子女，一般随母亲生活。但母亲有下列情况之一的，可随父亲生活：患有久治不愈的传染疾病或者其他疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活的；因其他原因，子女确实无法随母生活的。

2、父方或者母方均要求子女随其共同生活的，一方有下列情况之一的可以优先考虑：已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；子女随其生活时间长；改变环境对子女健康成长明显不利的；无其他子女，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。

3、父母双方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活的，但子女单独随祖父母或者外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助照顾好孙子女或者外孙子女，可作为子女随父或者随母生活的优先条件予以考虑。

4、如果未成年子女在10周岁以上的，应该考虑子女的意见，并尽可能照顾子女的要求。补充说明：父母能否协议轮流抚养子女一般情况下，父母离婚时，子女只随一方共同生活或者较多地随一方共同生活。

但随着计划生育政策的全面深化，近来在离婚诉讼中，当事人争抢抚养独生子女情况非常多，于是出现了由父母轮流抚养子女的现象。由父母双方轮流抚养子女，一方面能够减少因父母离婚给子女心灵上投下的阴影，使子女不因父母离婚而失去父母的共同关怀爱护，在人格上、生理上健康成长；另一方面，由父母双方轮流抚养，也可以使不与子女共同生活的父母一方在感情上得到慰藉，可以缓和当事人双方的对立情绪，融洽双方的关系，共同做好对孩子的抚养教育。

“在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。”根据此规定，父母双方轮流抚养子女的，一般需要由双方当事人达成协议，由人民法院认可。采用这种抚养方式，需要一定的客观条件，要有利于子女的健康成长和保护其合法权益。有的当事人在达成协议后，一方或者双方反悔，不履行协议，当事人双方可以就抚养问题另行起诉。