1.如果小微企业不是一般纳税人，在销售货物时就只能开具增值税普通发票，增值税普通发票是不能抵扣的;2.如果采购方是一般纳税人，需要销售方的小微企业开具增值税专用发票时，只能到税局申请代开税率为3%的增值税专用发票是可以抵扣的。

一、小规模纳税人开具的增值税专用发票税率是多少

小规模纳税人开具的增值税专用发票税率是3%，增值税不存在开普通发票就按照普通计算，开专用发票就存在专用计算办法或者说开专票就要多交税。也就是题主是小规模纳税人开专票还是开普票，增值税方面都是按照征收率3%计税。不含税的销售额计算公式：不含税销售额=含税销售额/（1+征收率），应纳税额=不含税销售额x征收率。小规模纳税人核算增值税采用简化的方法，即购进货物、应税劳务或应税行为，取得增值税专用发票上注明的增值税，一律不予抵扣，直接计入相关成本费用或资产。所有小规模纳税人（其他个人除外）均可以选择使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票。自愿选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人，税务机关不再为其代开。需要特别说明的是，货物运输业小规模纳税人可以根据自愿原则选择自行开具增值税专用发票；未选择自行开具增值税专用发票的纳税人，按照相关规定，向税务机关申请代开。自愿选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人销售其取得的不动产，需要开具增值税专用发票的，税务机关不再为其代开。

二、增值税专用发票怎么抵扣

增值税专用发票的抵扣方法如下：

1、应交的税费等销项税减进项税；

2、一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统；

3、以及其他需要认证抵扣的发票；

4、必须自该专用发票开具之日起180日内认证才可。

增值税专用发票指专门用于结算销售货物和提供加工、修理修配劳务使用的一种发票。增值税专用发票只限于增值税一般纳税人领购使用，增值税小规模纳税人不得领购使用。

三、个体户到底开增值税专用发票可以吗？

个体工商户不能开具增值税专用发票。如果需要，可以向国税局申请按照征收率代开，并缴纳增值税。个体工商户符合增值税一般纳税人条件的，可以直接向主管国税局申请认定，待批准为一般纳税人后，就可以申请上税控，申领专票自开了。

非一般纳税人的个体户只能申请代开专票，且税率只有3%。