如果合同有约定先开发票再付款，已开发票不能证明其已付款；如果合同没有约定先开票后付款，建议收集证据证明确实是对方要求先开发票再付款。另为了避免请求超过诉讼时效，建议尽快起诉。发票是购销合同、提供或者接受服务以及从事其它经营活动中，开具、收取的收付款凭证。未按照规定开具发票的，是属于违反发票管理法规的行为。因此，开具发票属于行政法律关系而不是民事法律关系，当事人在诉讼中提出开具发票的诉讼请求，人民法院应予以驳回。当事人可以将此情况告知当地税务部门反映并要求其解决。

超过三个月就不能开发票了么

如果对方的抵扣联在90天内已经认证，并取得了《开具红字增值税专用发票通知单》，可开具红字发票。如果对方在90天的认证期内没有认证，那么只能下次注意了。购货方不能再认证了，也不能再冲红票，重开新票了。（除非销售方愿意再交一次税）

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。发票的管理办法由国务院规定。