《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》(财税[2009]69号)第一条规定，执行《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)规定的过渡优惠政策及西部大开发优惠政策的企业，在定期减免税的减半期内，可以按照企业适用税率计算的应纳税额减半征税。其他各类情形的定期减免税，均应按照企业所得税25%的法定税率计算的应纳税额减半征税。

第二条规定，《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)第三条所称不得叠加享受，且一经选择，不得改变的税收优惠情形，限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。

企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。

根据上述规定，从事软件行业的贵公司处于“两免三减半”过渡期，2008年被认定为高新技术企业，不能叠加享受税收优惠。因此，如果贵公司选择新所得税法高新技术企业优惠，则2008年企业所得税率为15%.如果贵公司选择享受过渡优惠政策，则2008年企业所得税率只能按照企业所得税25%的法定税率计算的应纳税额减半征税。