应当以补充协议为准。

1、当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

2、时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

合同补充协议与变更协议的区别

补充协议和变更协议，两者的区别主要在内容上，补充协议是对未约定的事项或者约定不明的事项进行补充明确。

变更协议，主要对约定好了的事项进行更改，比如更改履行方式，履行地点，数量等等。

其实从名称上，法律上和实践中意义没有区分的意义，也可以用补充协议的方式，对内容进行更改。或者用变更协议的方式，对内容进行补充。

《中华人民共和国民法典》（自2021年1月1日起实施）

第五百一十条，【合同约定不明的补救】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。

第五百四十三条，【合同变更条件】当事人协商一致，可以变更合同。

法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。

合同的补充协议是对于主合同的补充或者变更，但这又与变更合同不一样。实践中，当事人之所以会格外再签到补充协议，主要还是因为主合同中存在未约定的事项或者约定的不是很清楚的事项，因此需要签订补充协议做出补充说明。很多时候合同生效后，对于没有约定或者约定不清楚的内容，往往就可以通过协议的方式做出补充约定。

法律依据

《民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。