补充协议与原合同通常会有冲突，补充协议是对原合同的补充或者变更，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，一般以补充协议为准。但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

根据2021年实施的《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

一、补充协议有效吗?

补充协议单独有效。签订合同之后，发现内容还需补充的，经合同各方协商一致，可以拟定补充协议。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，若补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突时，应当以补充协议为准；但若原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款变更则不发生法律效力。

二、借款合同没有约定还款期限有效吗

借款合同没有约定还款期限依然有效，当事人可以就还款期限制定补充协议。

根据《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第六百七十五条规定，借款人应当按照约定的期限返还借款。对借款期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，借款人可以随时返还；贷款人可以催告借款人在合理期限内返还。