应当以补充协议为准。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

一、主合同仲裁的内容是什么

主合同仲裁条款是指在合同双方当事人订立的合同中，将争议解决方式约定为仲裁的条款，它属于主合同项下的条款，但是根据仲裁条款独立性原则，该条款不会因为主合同的无效导致无效，其效力是独立的，仲裁条款是否生效取决于其自身的生效要件。

二、补充协议有无效必要条件

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定,且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。

三、的补充协议还有没有法律效力

合同到期签订补充协议是否有法律效力存在两种情况，如果补充协议只是对主合同除期限之外的部分条款作的补充性约定，则该补充协议可能因为主合同到期终止而不具有法律效力；另外一种情况是补偿协议本所就是对主合同期限及主要条款作出的约定，即为一份新的合同，对双方具有法律约束力。