Ⅰ、主管问题(诉讼与仲裁的冲突问题)。

公司法未规定股东代表公司申请仲裁的情形，但实践中，股东代表公司申请仲裁可能发生——当股东代表公司向他人主张对公司承担侵权行为民事责任时，一般不会出现诉讼与仲裁的冲突;而当股东公司的合同债务人主张合同权利时，则有可能发生诉讼与仲裁的冲突。

当公司与债务人之间订有仲裁协议或仲裁条款时，股东只能代表公司向公司债务人提起仲裁请求，而不能直接提起代表诉讼，具体的仲裁程序可以参照代表诉讼的基本程序

Ⅱ、管辖权问题。

我国《民事诉讼法》对股东代表诉讼的审判管辖权归属问题未作明文规定，但该法第一编第二章所规定的级别管辖、地域管辖、移送管辖、指定管辖原则完全可以适用于股东代表诉讼程序之中。

在董、监、高等对公司负有违约之债或者侵权之债时，公司作为债权人应当向哪个法院起诉，股东代表诉讼中的原告就应当向哪个法院起诉。在股东为追究董事责任而提起代表诉讼时，依据合同纠纷案件或侵权纠纷案件所归属的地域管辖原则，也可以由公司住所地法院管辖。

由于股东代表诉讼涉及到公司，又由于公司自身或原告股东之外的其他股东有可能作为共同原告参加诉讼，所以其审判管辖权问题又有别于民事诉讼法中的一般规定：提起代表诉讼的股东应向公司总部所在地法院起诉，即不论股东或被诉董事是在国内还是在国外，股东代表诉讼的审判管辖权均归公司登记所在地的法院，这将为公司或其他股东参加诉讼提供更多便利。