（一）补偿标准不同。

集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿，实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。国有土地上的房屋征收补偿则采取由评估机构评估的市场价格进行补偿。

（二）权利人救济渠道不同。

《土地管理法实施条例》第25条规定，集体土地征收时，“对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。”采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时，按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，“被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。”

（三）对于已经完成土地征收，但未给予房屋补偿、且房屋所在地已经纳入城市规划区的原集体土地上的房屋，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定进行补偿。

针对实践中遇到的土地征收已经完成、但是房屋补偿尚未完成的历史遗留问题，2011年最高人民法院出台的《关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条第2款规定：“征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。”因此，如果土地征收结束时没有进行安置补偿或者未足额补偿的，并且房屋所在地纳入城市规划区的，当事人可以请求按照国有土地上房屋征收的补偿标准进行补偿。