1．不能体现企业的最终税负。根据现行税收法规规定，城建税和教育费附加是根据增值税应纳税额附征的，增值税的减少必然减少城建税和教育费附加。但是这两项税费的减少必然会增加企业的利润总额，并相应地会增加企业所得税。在不少隋形下，增值税的减少本身就会相应地增加了企业所得税，因此增值税税收筹划的结果并不能直接体现为企业税负的最终结果。

2．易受使用增值税专用发票的限制。当前我国增值税应纳税款的缴纳是采取发票扣税法计算的，因此增值税专用发票的管理是整个增值税管理最为重要的一环，对企业来说能否开具增值税专用发票在很多情况下会直接影响其产品的销售，而增值税税收筹划或多或少要涉及到增值税专用发票的问题。因此在进行增值税税收筹划的过程中，如果因为筹划而不能使用增值税专用发票，对于企业来说就要考虑是否使用该筹划方案。

3．能够通过税负转嫁进行筹划。我们知道，从课税对象的性质来看增值税是一种流转税，也是一种间接税，作为间接税，其计税依据是商品的流转额，它的税额是商品价格的组成部分，这就决定了税负转嫁较为隐蔽。即使是价外税，尽管在财务处理上税金是完全独立于价外征收的，但在事实上也构成了一部分购买价格，因此相比所得税等直接税来讲，增值税的税负更容易转嫁。同时，由于增值税的征收税基比较宽，从增值税征收范围来看基本上所有的货物都已纳入了征税范围，对于所有增值税的征税对象来说，因为征税导致价格提升的替代效应几乎为零。也就是说，纳税人更容易通过提高货物价格的办法，将税负转嫁给下一个环节或者消费者身上。

4．运用转移定价的方法不能降低税负。从增值税计税依据看，它是对增值额进行的征税，对于整个关联企业来说如果想通过转移定价的方式来减少应纳税额将很难实现，因为对于整个关联企业来说，如果增值额确定那么应纳增值税额就是确定的，转移定价只不过是在关联企业内部转移增值税的应纳税额而已，除非被转移定价的企业享有增值税的减免税政策优惠，或者地区之间增值税的征税方法不一致。

5．很难用收益准确评价。首先，因为增值税是价外税，税收筹划减少的应纳税额一般在增加收入(或收益)栏目不是体现得很明显，而是在纳税人增加的现金流入方面体现得比较明显。其次，增值税是流转税，是在货物流通环节征收的，从货物流通环节到企业收益的核算这中间要经过很多环节，并不能体现为企业最终的收益。流转税减少不能直接体现为收益的增加，因此用现金的流入增加更能准确评价增值税税收筹划。