婚内财产协议有债务的，应当按照以下方法处理：1、债权人知道当事人婚内财产协议，并且夫妻双方约定财产归个人所有的，债务应当按照个人债务处理，由个人偿还；2、债权人不知道当事人婚内财产协议的，债务被认定为夫妻共同债务的，夫妻双方应当共同偿还，债权人可以要求其中一人偿还全部的债务。

婚内财产协议公证怎么办理

1、当事人在夫妻财产约定协议书中，应对各方婚前财产（或婚后财产）在婚后的使用、维修、保养、处分以及财产孳息归属作出明确约定；

2、当事人在夫妻财产约定协议书中，应对各方婚前（或婚后）债务的清偿作出明确约定；

3、夫妻签订的婚内财产协议书的内容应符合法律，符合社会公共利益，不违背社会公德。

关于夫妻双方签订婚内财产协议后，应向哪个公证处申请办理公证手续的问题，上海市公证处认为：夫妻财产约定协议公证由当事人一方的住所地或协议签订地公证处受理。

《中华人民共和国民法典》第一千零六十五条夫妻可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。没有约定或约定不明确的，适用本法第一千零六十二条、第一千零六十三条的规定。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有约束力。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产约定归各自所有的，夫或妻一方对外所负的债务，第三人知道该约定的，以夫或妻一方所有的财产清偿。