一、检察院审查起诉超过期限怎么办?

可以申请变更强制措施，根据我国《刑事诉讼法》第九十九条的规定：“犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。人民法院、人民检察院或者公安机关对于被采取强制措施超过法定期限的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。”

我国《刑事诉讼法》第一百三十八条规定：人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。另外，《刑事诉讼法》第一百四十条规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

二、审查起诉的内容

(1)犯罪嫌疑人身份状况是否清楚，包括姓名、性别、国籍、出生年月日、职业和单位等;

(2)犯罪事实、情节是否清楚;认定犯罪性质和罪名是否正确、有无法定的从重、从轻、减轻或者免除处罚的情节;共同犯罪案件的犯罪嫌疑人在犯罪活动中的责任认定是否恰当;

(3)证据材料是否随案移送，不移送的证据的清单、复制件、照片或者其他证明文件是否随案移送;

(4)证据是否确实、充分;

(5)有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人;

(6)是否属于不应当追究刑事责任的;

(7)有无附带民事诉讼;对于国家财产、集体财产受到损失，是否需要由人民检察院提起附带民事诉讼;

(8)采取的强制措施是否适当;

(9)审查活动是否合法;

(10)与犯罪有关的财产及其孳息是否扣押、冻结并妥善保管，以共核查。对被害人合法财产的返还和违禁品或者不宜长期保存的物品的处理是否妥当，移送的证明文件是否完备。

对于犯罪嫌疑人来讲，除了申请变更强制措施之外也没有其他的解决办法了。也不仅是人民检察院，理论上我国的程序法只是相对的约束到了司法机关的办案权，但是在羁押期限的这个问题上，超级羁押其实没有任何有效的处理方法，因为立法对此并不完善。