对于经常进行大额支付的生产或流通企业、证券和外汇交易商来说，由于他们用于支付的金额一般较大，支付频率高，支付人与受支付人的资金结算帐户又往往处于不同的银行，而且法律一般也不允许他们通过现金进行支付。因此对他们来讲通过跨行电子资金划拨系统进行结算是最理想的方式。跨行电子资金划拨的基本流程如下：

(1)付款人向付款人银行发出支付指令，支付指令可以纸面形式作出，如填写付款人银行的格式单据，也可以电子形式作出。当前银行电子化的趋势是以电子形式发出指令，即付款人通过特定的终端设备如计算机、支付密码器等形成指令，进行签名和加密后查到付款人银行。付款人银行接受到支付指令后，对支付密文进行解密和验证。

(2)付款人银行接受支付指令后，按照指令指定的金额借记付款人的帐户，然后根据付款人的支付指令签发一项电子支付指令，通过中介银行提供的通讯系统传输至中介银行。

(3)中介银行接受付款人银行的支付指令后，将支付金额借记付款人银行帐户，同时贷记受款人银行帐户，然后向受款人银行发出电子支付指令。

(4)受款人银行接受支付指令后，即将支付金额贷记受款人帐户并向受款人发出收帐通知。若受款人没有银行帐户，则向受款人发出取款通知。银行通知签发后，整个电子资金划拨过程结束。