委托开发商代办房产证的协议里面必须明确这些条款：

1.开发商应该于什么期限内办理房产证(如果是两证分离的地区，一定要注明《土地使用权证》和《房屋所有权证》，当然如果因为行政原因，本地暂时无法取得《土地使用权证》的，只能让步了);

2.开发商或代理公司应当于什么期限内提供缴纳相关税费的正式收缴凭证;

3.约定一旦因开发商原因导致不能如期办理或办证发生错误的情况时如何处理，最好明确约定可以退房或不退房，但开发商应赔偿全部房款x%的赔偿金等明确的违约处理方法;

4.约定如果贷款银行扣押房产证和《购房合同》的，购房人如何核验房产证，因为这种情况下购房人往往只能看一眼房产证;

5.约定办理抵押登记的事宜，有些银行不扣押房产证，仅办理抵押登记，抵押登记的手续是否由开发商办理以及如何办理等事宜也应当约定清楚;

6.约定代办费用的数额和缴纳方法，并要求提供正式的开发商盖章的收据。