小诊所医疗事故的赔偿程序根据实际情况而定。发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决，不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。

医疗事故纠纷医院该怎么赔偿

1、确定为医疗事故的，可根据事故等级、情节和病员的情况给予一次性经济补偿。补偿费标准，由省、自治区、直辖市人民政府规定。

2、医疗事故补偿费，由医疗单位支付给病员或其家属。病员及其家属所在单位不得因院方给予了医疗事故补偿费而削减病员或其家属依法应该享受的福利待遇和生活补贴。

3、病员由于医疗事故所增加的医疗费用，由医疗单位支付。

《医疗事故处理条例》第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。