一、公司应如何合法安排员工加班

用人单位安排加班的合法方式如下：

1．严格执行劳动定额标准；

2．加班需要与劳动者协商一致；

3．用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家标准支付加班费。

《劳动法》第四十一条

用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。

第四十四条

有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

二、加班费要扣税吗

加班费应当扣税。加班费属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。

《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

三、加班纠纷仲裁流程是怎样的

1．提交书面劳动仲裁申请；

2．等待申请审核，拿《受理案件通知书》和《开庭通知》；

3．劳动仲裁调解庭调解；

4．开庭审理，冲裁裁决；

5．拿仲裁裁决书；

6．对结果不服可起诉；

7．获得赔偿。

《中华人民共和国个人所得税法》（2018修正）：　第二条　下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：\n（一）工资、薪金所得；\n（二）劳务报酬所得；\n　　（三）稿酬所得；\n（四）特许权使用费所得；\n（五）经营所得；\n（六）利息、股息、红利所得；\n（七）财产租赁所得；\n（八）财产转让所得；\n（九）偶然所得。\n居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。