协议部分条款无效并不会导致整个协议无效。《民法典》规定，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为无效。

许可协议部分条款的无效不能成为东进不构成侵权的抗辩理由

在本案中，提出许可协议的部分条款无效只能作为一种诉讼策略进行尝试。但实际上，这在本案中并不适当而且也不会得到法院的支持。因为本案的案由是计算机软件版权侵权纠纷，而被告提出许可协议的部分条款无效是依据合同关系。这与本案并非同一法律关系，被告既未提出反诉，且因法律关系不同法院也不太可能会合并审理。同样，INTEL诉状中提出，许可协议明确规定被许可方只有在英特尔产品或包含了相关英特尔公司产品的用户产品上才能使用和运行该协议所许可的SR5．1．1软件从而开发自己的应用软件，这也是不能作为指控东进公司存在侵权行为的理由的，因为违反协议的约定只能说明被许可方存在违约行为而已。而本案并非违约之诉而是侵权之诉。故从审判实践来看，法院对被告提出的许可协议部分条款无效请求极有可能置之不理，或是告知东进公司可以另案起诉。很明显，原被告双方都试图引用许可协议中的条款证明其主张是混淆了违约行为与侵权行为这两种不同的法律关系。

另外，更重要的一点是：即使在诉讼中（不论是本诉还是另一诉）真的确定了许可协议的部分条款无效，也不可能据此来抗辩其行为不构成对SR5．1．1软件的侵权。这是因为，许可协议条款的规定是被许可方只有在英特尔产品或包含了相关英特尔公司产品的用户产品上才能使用和运行该协议所许可的SR5．1．1软件从而开发自己的应用软件，故如果说该条款无效，则最多只能说明用户可以在其他产品上（而不限于在INTEL相关产品上）使用SR5．1．1软件。但要特别强调的一点是：该种使用仍然必须遵守著作权法的相关规定，而不是说用户可以不加约束的任意使用他人享有版权的软件。具体而言，除了满足合理使用的条件外，用户使用软件必须经过原权利人的同意，并需支付一定的费用。未经权利人的许可复制、发行以及通过信息网络传播权利人的软件仍然是构成侵权的。故而，东进公司不应投入过多的精力去请求法院确认许可协议部分条款无效，而应当将重点放在其并未直接复制INTEL头文件内容这一争议焦点上（下文将有专门阐述）。当然，东进公司可以另案起诉INTEL的协议的条款无效以及涉嫌垄断，这另当别论。

《中华人民共和国民法典》第一百五十三条

违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。

违背公序良俗的民事法律行为无效。

第一百五十六条

民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。