个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。还要扣除个人所得税专项附加扣除，指个人所得税法规则的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。其他补贴也加入进行一起计算。员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。

事业单位病假工资会扣五险一金吗

事业单位病假工资会扣五险一金。最低工资指的是扣除由个人承担的五险一金之前的工资。《关于贯彻执行《中华人民共和国劳动法》若干问题的意见》（劳部发1995309号）第五十九条职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。按照规定是包含的。病假期间公司也要依法为员工缴纳社保。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规则分别计算个人所得税。