员工与公司发生纠纷可以先协商调解，找出事情的基本情况，并采取相应的解决方案，协商调解不能达成协议的，双方可以依法申请劳动仲裁或者起诉法院。根据有关规定，工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位履行劳动合同、集体合同的情况进行监督。用人单位违反劳动法律、法规和劳动合同、集体合同的，工会有权提出意见或者要求纠正，劳动者申请仲裁、提起诉讼的，工会依法给予支持和帮助。

职工与用人单位发生纠纷的处理

职工与用人单位发生纠纷按照民事纠纷处理，我国法律规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动合同法》第七十八条【工会监督检查的权利】工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位履行劳动合同、集体合同的情况进行监督。用人单位违反劳动法律、法规和劳动合同、集体合同的，工会有权提出意见或者要求纠正；劳动者申请仲裁、提起诉讼的，工会依法给予支持和帮助。