员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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女职工怀孕期间不可以解除劳动合同，任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资，辞退女职工，单方解除劳动(聘用)合同或者服务协议。
原则上怀孕期间解除劳动合同是违法的。只有两种情况下这些员工的劳动合同可以解除，第一个是员工本人提出，或者说跟员工本人协商一致。第二种情况下，员工本人存在严重违反劳动纪律，或者是违法犯罪的过错情况，除此之外，不得以任何理由解除怀孕女职工的劳动合同。
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