你的问题比较复杂，我简要分析如下：你的问题实际就是确定法定登记与协议约定效力大小？法定登记只是对船舶所有权的行政确认并非创权行为，因此有证据推翻法定登记，那么以实际为准；欲收回所有权采取诉讼方式，并且是向海事法院起诉，诉因不是法律概念，应该说案由是什么，本案争议有二：一是所有权争议一时抵押行为是否合法有效？你的诉求是第一个争议，因此案由是其他海事海商纠纷项下船舶所有权纠纷。
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船舶抵押权，是指抵押权人对于抵押人提供的作为债务担保的船舶，在抵押人不履行债务时，可以依法拍卖，从卖得的价款中优先受偿的权利。船舶抵押权的设定，与船舶所有人或者船舶所有人授权的人应当签订书面合同。由抵押权人和抵押人共同向船舶登记机关办理抵押权登记；未经登记的，不得对抗第三人。
根据我国的法律，下列船舶应当依照中华人民共和国船舶登记条例规定进行登记： (一)在中华人民共和国境内有住所或者主要营业所的中国公民的船舶。 (二)依据中华人民共和国法律设立的主要营业所在中华人民共和国境内的企业法人的船舶。但是，在该法人的注册资本中有外商出资的，中方投资人的出资额不得低于百分之五十。 (三)中华人民共和国政府公务船舶和事业法人的船舶。 (四)中华人民共和国港务监督机构认为应当登记的其他船舶。 军事船舶、渔业船舶和体育运动船艇的登记依照有关法规的规定办理。
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