不会扣工资。当事人没有与单位签订劳动合同，要离职，也要按照劳动合同法规定履行离职程序。如果依法提出离职，单位不予办理离职的，当事人可以向劳动行政部门申诉和举报。县级以上地方人民政府劳动行政部门应当依法对用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况进行监督检查。用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
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没签劳动合同自动离职工资会发放，劳动者自动离职的，属于违法解除劳动合同，应当赔偿由此给用人单位造成的损失。但用人单位需承担损失的举证责任。对确实造成损失的，可以从工资中予以扣除。
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