会计电算化使传统的会计系统组织机构、会计核算形式及内部控制制度等发生了很大变化，其中对内部控制制度的影响最为明显。主要表现在以下几个方面： 1．控制对象发生改变电算化条件下，内部控制的控制对象由对人的控制为主转变为对人、机的控制。在一项交易发生时，有关该项交易的有关信息由业务人员直接输入计算机，并由计算机自动记录，原先使用的每项交易必备的各种凭证、单据被部分取消，原来在核算过程中所需要履行的程序，有相当一部分变为由计算机自动完成。 2．控制方式发生改变会计电算化条件下，内部控制的控制方式发生改变，由单一制度控制转为程序控制和制度控制。手工会计系统中，内部控制的方式主要是人员的内部牵制制度。电算化会计系统下会计和财务的业务处理方法和处理程序发生了很大变化，会计凭证和报表的生成方式、会计信息储存方式和储存媒介也发生了很大变化。因此，电算化会计系统下的内部控制重点由对人的控制为主转变为对人机控制并重。 3．安全控制的难度加大电算化条件下，安全控制的难度加大。首先，原始凭证数字化使数据容易涂改。数据库技术的提高使得各种数据高度集中，存储方式是信息转化为数字形式存储在介质上。因此，在技术上对电子数据的非法修改可做到不留痕迹，这样就很难辨别哪一个是业务记录的原件。其次，难免受非法侵扰。网络是一个开放的环境，在这个环境中一切信息在理论上都是可以被访问到的，除非它们在物理上断开连接。因此，网络下的会计信息系统难免遭受非法访问甚至黑客或病毒的侵扰。
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存在下列问题： 1.内部控制意识薄弱。在我国，仍有相当部分的企业未制订成文的内控制度，这一事实反映出这部分企业尚未认识到内控对于企业经营的重大意义。 2.组织机构设置不合理。有些国营企业的组织机构仍然沿袭着计划经济体制下的老模式政企合一的原则来设立。 这种机构设置仅考虑到行政管理上的方便，而没有注意到企业组织的合理性问题，企业普遍存在机构臃肿、管理层次多、工作效率低下的问题。 3.企业制度不健全。
企业内部控制的误区： 一、内部控制是企业自己的事，犯不上政府来管; 二、内部控制能够保证公司战略目标的实现; 三、内部控制能够消除舞弊; 四、内部控制制度要做到最优。
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