1.会计电算化人员素质有待提高。目前，普遍存在的较低的人员素质，使会计软件的许多功能得不到充分利用，更谈不上根据实际工作情况进行二次开发，从而使会计软件中固有的一些内部控制措施得不到落实。 2.通用会计软件安全控制功能不完善。（1）软件安全性与保密性差。作为财务软件的加密，目前主要是对软件系统而言，财务软件公司只考虑自身的经济利益，防止盗版，但对用户会计数据保密性、安全性涉及不多。（2）各核算模块缺乏衔接致使内部控制难度大。（3）已有的功能不符合内部控制的要求。在电算化会计信息系统中，存贮在磁性介质中的会计信息有被篡改而不留下痕迹的特点。（4）软件的实用性不足。企业在选购财务软件时缺乏前瞻性，随着经济与企业的发展，原有的财务软件在功能上已不能适应新形势的要求，而企业又没有及时对原有系统给予改进，从而使相关的内部控制得不到保障。 3.电算化会计基础管理工作薄弱。（1）职责分离执行不力。（2）操作过程中存在风险。由于没有制订相应的控制措施和缺少监督，没有严格限制未经授权的人接触电算化系统，对于玩忽职守的情况，难以明确追究相应的责任。（3）维护过程中存在风险。系统日常维护主要解决在日常操作中计算机硬件、软件一些简单故障。企业在对系统日常维护过程中，常常是出了问题就由工作人员直接通知维护人员进行维护，没有严格的申报和测试验收制度，维护过程也不做相应记录。（4）档案保管中存在的问题。第一是对电算化档案重要性的认识不到位，造成档案管理内容不全；第二是会计档案没有严格执行分人分地保管，存在较大的隐患；第三是数据备份存在偏差。虽然对数据进行备份，但不能坚持定期备份。如果出现计算机故障就可能导致数据的丢失。对数据没有定期检查，缺乏针对突发问题而采取的补救措施。另外，软件目前只支持软盘备份，难以克服磁盘容量小、寿命短、稳定性差等缺陷；第四是没有建立和执行计算机病毒的防范管理制度，多次出现由于软盘使用不当使系统数据被病毒破坏的情况。 4.缺乏电算化内部审计监督。
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存在下列问题： 1.内部控制意识薄弱。在我国，仍有相当部分的企业未制订成文的内控制度，这一事实反映出这部分企业尚未认识到内控对于企业经营的重大意义。 2.组织机构设置不合理。有些国营企业的组织机构仍然沿袭着计划经济体制下的老模式政企合一的原则来设立。 这种机构设置仅考虑到行政管理上的方便，而没有注意到企业组织的合理性问题，企业普遍存在机构臃肿、管理层次多、工作效率低下的问题。 3.企业制度不健全。
存在下列问题： 1.内部控制意识薄弱。在我国，仍有相当部分的企业未制订成文的内控制度，这一事实反映出这部分企业尚未认识到内控对于企业经营的重大意义。 2.组织机构设置不合理。有些国营企业的组织机构仍然沿袭着计划经济体制下的老模式——政企合一的原则来设立。 这种机构设置仅考虑到行政管理上的方便，而没有注意到企业组织的合理性问题，企业普遍存在机构臃肿、管理层次多、工作效率低下的问题。 3.企业制度不健全。
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