员工擅自离职怎么处理，劳动者擅自离职是指其未向用人单位提出口头或书面辞职报告，而随意离开所在单位及其所担任的工作职务或岗位的违法违约行为。因此，用人单位应当在教育劳动者自觉守法、守约的同时还应依据《劳动合同法》第4条和第39条第2项的规定制定好内部规章制度，对劳动者擅自离职的行为作出限制性和处罚性的规定。这种违法的行为往往会给用人单位造成经济损失，因此用人单位还应依据《劳动合同法》第17条第2款和第90条的规定，在劳动合同中与劳动者约定针对擅自离职行为的损失赔偿条款，能计算出损失额的，可要求其按实际损失额赔偿，无法计算损失额的，可约定一个具体的索赔数额。还可依据该法第91条的规定，要求招用该擅自离职、尚未与本单位结束劳动关系的劳动者的用人单位承担连带赔偿责任。
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员工擅自离职一般情况下是不能要求支付违约金的。只有两种情形，劳动者擅自离职，用人单位可以请求支付违约金。一种是用人单位为劳动者提供专项培训费，另一种是用人单位与劳动者在劳动合同中约定了关于商业秘密的保密协议或者竞业限制。
自动离职，没有交接工作的用人单位可以追究其损失，对单位造成的损失，但是不能追究其相关的违约金。 (1)接受了用人单位的专项培训，并且签订了服务期限，劳动者违反服务期限的，需要支付违约金;违约金的金额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期限尚未履行的部分所应分摊部分。 (2)劳动者签订了竞业限制约定，违反了协议的相关内容，需要支付违约金。 (3)劳动合同法所规定的除了以上两种情形可以约定违约金以外，其他不能设定违约金。
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