劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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可以解除,但需要支付经济补偿。按照劳动合同法的规定,因病休息超过医疗期不是单位合法单方解除劳动合同的情形。因病休息医疗期满后不能从事原工作,也不能从事由用人单位另行安排的工作的,用人单位可以提前三十天以书面形式通知劳动者本人或额外支付劳动者一个月工资后可以解除劳动合同。
劳动者因病超过医疗期，单位能依法解除劳动合同，但是一般要符合劳动者不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作等条件。如果单位在此情形下依法与劳动者解约的，还要向其支付经济补偿金。
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