按照公司规章制度扣工资，合法，但最多不能扣除劳动者月工资的20%。《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。《劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
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公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的，《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
企业以违反内部规章制度为由解雇员工是合法的。劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位是可以解除劳动合同的。 但是，由于规章制度是用人单位单方面制定的，而“严重违反”又具有模糊性，因此该条法律容易被用人单位滥用。 对“严重违反”的界定应充分考察劳动者的过错程度，审查劳动者的行为是否导致劳动合同难以继续维持，从而限制用人单位过于简单草率地即时解除劳动合同。
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