员工在没有办理离职手续的情况下，自动离开公司，是属于严重违纪行为。单位可以以此辞退员工，并给与员工纪律上的处罚，同时也可以扣除员工部分奖励性待遇作为处罚。但是在员工没有给单位造成直接经济损失的情况下，单位是不得克扣员工的劳动报酬的。如单位克扣或者拖欠员工工资，员工可以申请劳动仲裁进行维权。法律依据《工资支付暂行条例》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。《劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：（一）因确认劳动关系发生的争议；（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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员工辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。 协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可请愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。 调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。 另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。
公司办理员工入职流程如下：员工填写《员工登记表》，并交验各种证件；与员工签订劳动合同、保密协议、职位说明书；建立员工档案、考勤卡(管理卡)；介绍公司情况，引领新员工参观公司、介绍同事；将新员工移交给用人部门。
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