工程款扣款不能超过90％。发包人应以不高于工程价款的90％向承包人支付工程进度款，同时不低于工程价款的60％。在结算过程中，若发生进度款支付超出实际已完成工程价款的情况，则承包单位应按规定在结算后30日内向发包单位返还多收到的工程进度款。

《中华人民共和国建筑法》第十八条

建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包单位与承包单位在合同中约定。公开招标发包的，其造价的约定，须遵守招标投标法律的规定。

发包单位应当按照合同的约定，及时拨付工程款项。