首先，新《公司法》规定，除有限责任公司形式的外商投资企业外，公司设立协议不是设立有限责任公司必备的法律文件，在股份有限公司中，发起人应当签署发起人协议。当然，公司章程是任何形式的公司在成立过程中都必须具备的法律文件

其次，它们具有不同的效力。公司设立协议仅在发起人之间具有法律效力。公司章程规定了全体股东之间、股东与公司之间、管理机构与公司之间的法律关系。从有效期来看，公司设立协议的有效期为设立开始至设立过程终止，而公司章程则延伸至公司成立后直至公司终止的整个存续过程