在公司成立之前，成立公司的股东之间通常会有口头或者书面的协议，对成立公司的事务作出约定。从法律的较多来说，书面协议要远胜于口头的协议，关键之处在于日后出现纠纷时的举证难度问题。

那么书面的合作协议（合伙协议）与日后的公司章程之间的法律关系如何呢？

根据笔者做过的案子，有的公司股东之间没有书面的合作协议，有的公司股东之间则有几份合作协议，有的还在向工商部门登记备案的公司章程之外另有公司章程。

根据法律的规定及笔者的法律实践及司法实践：

1、在有合作协议公司章程并存的情况下，公司章程的效力一般优于合作协议的效力。

2、在合作协议没有作出约定而公司章程作出规定的情况下，则必然以公司章程为准。

3、在合作协议有约定，而公司章程唯有规定的情况下，如果合作协议的约定未有违反法律的强制性规定，则合作协议的约定是有效的。

4、在合作协议和公司章程都没有规定的情况下，则以公司法及相关法律法规的规定为准。

5、合作协议在公司内部股东之间发生法律效力，不能对抗第三人。

6、公司章程既可以在公司内部股东之间产生法律效力，对外也具有法律效力。

在实践中，很多人认为合作协议的约定是优于公司章程的规定的，尤其在找代理公司注册公司的情况下，公司章程用的都是范本，甚至是简略了很多的“范本”，因此到后来出现纠纷，才知道合作协议的约定是不能对抗公司章程的规定及法律的规定的。

因此，草拟达到自己目的、合乎法律规定的合作协议，制作个性化、针对性强的公司章程是成立公司运作公司的基础、前提，是防患于未然的第一步。