新型农村合作医疗保险定点医疗机构主要可以分为五类，分类设置住院补偿比例以及起付线的计算系数。

Ⅰ类：乡镇卫生院及在乡镇(不含城关镇)执业的一级医疗机构。

Ⅱ类：在县城执业的二级以下(含二级)医疗机构和市辖区的区直医疗机构。次均住院医药费用水平已经超过全省县人民医院平均水平的Ⅰ类医院。

Ⅲ类：在省辖市城区执业的二级以下(含二级)医疗机构和省属二级医疗机构;被省卫生厅评定为“三级医院”的县级医院;次均住院医药费用水平已经超过全省市属二级医院平均水平的Ⅱ类医院。

Ⅳ类：在省辖市城区执业的三级医院(含省市属三级医院、社会办三级医院;含三级综合和三级专科);次均住院医药费用水平已经超过全省市属三级医院平均水平的Ⅲ类医院。

Ⅴ类：被取消定点资格后重新获得定点资格未满一年的或被暂停定点资格后恢复定点资格未满9个月的医疗机构;因违规违纪而受未涉定点资格的处罚未满半年的定点医疗机构。Ⅴ类医疗机构在恢复正常类别之前，必须经省农合办与市县农合办联合现场检查验收。Ⅴ类医疗机构不宜开展即时结报。